小说以1984年的东京为舞台，描述邪教组织“先驱”如何支配人类意志。主人公青豆是个女杀手，另一位主人公天吾则是立志想当作家的补习学校教员，两人都30岁左右。天吾企图让一名少女获得文学新人奖，但中途遭遇了邪教组织，不久之后的一次突发事件，则令发生在1984年的故事转变为1Q84的世界……
小说的故事以双线进行，奇数章写女主角青豆，偶数章写男主角天吾。青豆和天吾是小学三四年级的同班同学，十岁时互生好感。然而二人个性孤独没说过几句话。随后青豆转学，两人失去联络，二十年后才又重逢。在分开的二十年里，男女主角各自经历一番波折的爱情，三十岁的现在彼此竟然都没有忘记十岁时的对方。这令人想起村上早期的作品《遇见100%的女孩》。

长大后天吾认识另外两位女性，一位是别人的妻子比他大十岁，一位是和他合写小说《空气蛹》的十七岁美少女，都是掌握主导权的女性。天吾反而经常是被动的。《1Q84》在各方面，都和既有的“男尊女卑”、“男强女弱”的价值观逆转。