生于筑摩县马笼村（现长野县木曾郡山口村），父亲正树，母亲缝，是四男三女中的幺儿，父亲是马笼地区的仕绅兼地方官。六岁时，由父亲教导亲笔书写的「劝学篇」、「千字文」，在幼年期结束时开始学习「孝经」、「论语」。九岁时父亲将其三兄弟送至东京求学，开始寄宿生涯。14岁从木村熊二习得英语，同年其父正树在故乡的禁闭室发狂而死等家庭因素，影响藤村后来孤独、沉潜的忧郁性格。

1891年正值于明治学院毕业。当时故乡长兄经营事业失败，家道中落，于明治女子学校任教职。后因与学生佐藤辅子苦恋，伤心之余辞教职前往关西流浪九个月。1893年结识北村透谷参加「文学界」的创刊，陆续有诗作发表。1894年，透谷自缢，编集《透谷集》。

1896年赴仙台东北学院任教。隔年，处女诗集《若菜集》出版广受好评。1899年与出生函馆的秦冬小姐结婚。1906年自费出版经7年时间完成的第一部长篇《破戒》，受漱石等人激赏，成为最受瞩目的自然主义文学掌旗手，成功之余三个女儿却陆续夭折。