一九一四年十一月，漱石应学习院辅仁会(校友会)之请，作了题为《我的个人主义》的讲演。在这个讲演里，漱石把他一贯主张的个人主义归纳为三点：第一，要发挥自己的个性，也必须尊重别人的个性。第二，要使用自己的权利，也必须懂得随之而来的义务。第三，要显示自己的财力，也必须重视随之而来的责任。可见漱石所提倡的个人主义，并不是损人利己的个人主义，而是既尊重自己又尊重他人的个人主义。
    当时第一次世界大战刚刚开始不久。日本当权人士为了解除国内生产停滞危机，抢夺德国在中国山东的利益，进而扩张在整个中国的势力，便以所谓日英同盟为借口对德宣战。这场战争使日本在军国主义道路上越走越远，社会上狭隘的民族主义情绪高涨，个人主义被视为危险的思想。因此，漱石的个人主义虽然属于资产阶级思想意识范畴，并不一定同流行的“爱国”思想直接抵触，但也并不是步调完全一致。这恐怕正是他经常感到孤独和寂寞的思想根源之一。漱石在讲演里还进一步解释道：“更通俗地说，是无党派心而有是非的主义，不结朋党组团体，为权力与财力所盲目驱使。所以，其背后也潜藏着人所不知的寂寞。既然无党派，我只管走我应走的路，同时并不妨碍别人走他们应走的路，于是在某种时候、某种场合人们必然七零八落。因之产生了寂寞。”这是漱石心灵的自白。他时常感到孤独和寂寞，并且这种感觉越到后来越加深刻起来。
    一九一五年初，漱石的小品文集《玻璃门内》在报纸上发表了。
    这本书第一节说明，这些文章是漱石一面对那些故意无视忙碌而没有余暇的“社会人士”的轻蔑，一面利用因为感冒得以躲在书房随心所欲思索的机会写成的。全书共有三十九节，包括二十六个故事。从内容上看，大致可以分为两个方面：一是谈人生观问题，二是对往昔的回忆。二者交错进行，互相关联。
    在人生观问题上，以生与死为中心。一个有过一段痛苦遭遇的女人问漱石，她应当活下去，还是应当死掉。这个提问使漱石想到这个女人、自己以及一般人的生死问题。漱石本心认为，死比生可贵，死是过着不愉快生活的人所能达到的至高无上的境界；同时，他又按照千百年来形成的习惯执着于生，继续生活下去。这是一个尖锐的矛盾：本心和现实的矛盾，思想和实践的矛盾。然而，他即使处在这种矛盾之中，也并没有逃避现实，而是热心地生活下去。这可以从他为人处世的态度看出来。例如，第三十三节提出这样一个严肃的问题，社会上有好人，有坏人。漱石既不想相信坏人，又不愿伤害好人。但是如何判断谁是好人，谁是坏人呢?只好听凭直觉，而直觉又不大可靠。他的苦恼正在这里。这说明漱石对生活的态度是极其认真的。
    在往事回忆方面，其范围从漱石的童年时代起到写作 当时为止。漱石一面回首往昔，一面思索自己走过的生活道路，其中包括不少珍贵的材料。
    文章的风格是多种多样的：有深情的思念，如第三十七和第三十八节关于年老母亲的亲切回忆，有愤怒的谴责，如第十二和第十三节写一个男人的无理取闹；有幽默的讽刺，如第二节写摄影记者的弄虚作假；有哀切的抒情，如第三至第五节写一只小狗的惨死；有哲理的探索，如第六至第八节探讨一个女人所提出的生死问题。从总体来说，这个集子使人感到一种淡淡的哀愁和低回的情调。这大概与漱石当时的心境有关。
    关于写作态度，漱石在最后一节明确地谈到过，大意是这样的，这里杂乱地写了许多别人的事和自己的事。写别人的时候，尽量不让对方感到为难；谈自己的时候，却比较自由自在，无拘无束。不过即使如此，也没有达到对于自己漠不关心的地步。虽然没有说谎欺骗社会，但是也并没有把更卑劣、更丑恶、更丢面子的缺点写尽。过去固然有不少人写过忏悔录，可是从来没有一个人能够把事实写尽。正如有人所说的那样，看来人们不能以自己的力量把真正要害的问题写出来，何况自己所写的又不是什么忏悔录。事实上，仅仅写了自己“颇为明显的罪过——如果可以说是罪过的话”。其中，也许会有使某些人感到不快的地方，然而自己却已经跨越那不快之上，“一面环顾一般人，一面微笑着；同时也以同样的目光回顾写过无聊文字的自己，恰如环顾别人一般，仍然微笑着。”由此可见漱石的态度是严肃认真的，对自己的解剖也是不留情面的。而这本小册子之所以能够打动人心，主要原因恐怕也正在于此。
    《玻璃门内》完成以后，为了得到适当休息，漱石到京都旅行游览了约一个月左右。三月十九日，他离东京抵京都。开头几天游了不少地方，生活过得伤佛相当愉快。但从二十三日起，胃又不舒服起来，二十四日更加不妙，决定次日返回东京。可是，二十五日病情进一步发展，不能乘车，只好退掉车票留了下来。当天，他收到姐姐病危的电报，也不能赶回去见面了。这次发病虽然不算十分严重，但是也曾一度发生危机，日记被迫中断了好几天，夫人镜子也从家里赶来。最后，漱石一行于四月十六日晚间回到东京。
    漱石最后一都写完的长篇小说《道草》，发表在一九一五年六月到九月的《朝日新闻》上。
《道草》是一部自传性的小说，或者说是小说体的自传，兼有“自传”和“小说”二者的特点，交织着“真实”与“诗意’。主人公健三的经历大体上也就是作者漱石的经历，特定时间是从漱石留学归来到发表《我是猫》前后，即一九零三年到一九零六年之间。这是漱石一生感到最苦恼、又最留恋的时期，是他彷很不定、前途未卜的时期。书名《道草》，是在途中耽搁，也就是彷徨的意思。当然，漱石不仅仅是单纯地描述那段经历，同时也是站在新的高度回顾自己的过去，力图彻底研究自我，以便达到所谓“则天去私”的境界。
    健三留学归国，不久由于发表一部小说而一举成名。今后如何生活下去呢?他坚持要走学者的道路，闭门读书写作，不与亲友往来，就连妻子儿女也不怎么接近。
    正在这时，养父岛田突然出现了。岛田事件可以说是小说的中心线索。岛田晚年生活潦倒，听说养子健三成名成家，便想从他那里捞到一笔收入。拿到几次零用钱以后，又以其他经济来源断绝为理由，要求更多的供养费。这次遭到健三拒绝。岛田一怒而去，随后找出一个中人，以换取文书为借口，从健三手里要走一百块钱，养父养子关系到这里才算最后断绝。
    这个事件对健三的生活和精神两方面都产生了影响。就生活方面面言，它在一定程度上打破了健三闭门谢客的习惯。由于这个交涉，他不仅要和养父来往，而且也和平时不大交往的姐姐、哥哥频繁联系起来，在与妻子的关系上也增加了一个重要谈话资料。就精神方面而言，与养父的再会把他卷进不愉快的过去之中，甚至使他怀疑自己到底是什么人，自己为什么而生活了。他本来认为过去的事情已经过去，养父等人所代表的世界已经远离自己。然而，事实并不如此。见到已经失掉“未来”的哥哥时，他仿佛觉得自己被人从应该前进的方向往回拉，不知什么时候自己也会陷入和哥哥同样的境地；想到可怜的姐姐时，他感到姐姐不过比自己表现得露骨一些而已，剥去教育的皮，自己跟她没有大的不同；至于养父，他则觉得这个老人既是过去的幽灵，又是现在的人物，也是未来的阴影，什么时候都将缠绕在自己的周围，使自己喘不过气来。
    在小说结尾的地方，健三说道：“世界上几乎投有什么彻底解决的东西，一度发生过的事情将会长期继续下去。只不过由于变化各种形式，旁人和自己都不了解罢了。”这段话是意味深长的，也可以说是整个作品的结论。它不仅是说过去的因缘关系将要继续下去，而且指出精神方面的活动也将连续发展，不会简单地一刀两断的。这就是说，健三和养父母过去共同生活的经历和体验，必然影响到他现在和今后的生活道路，想要逃避是不可能的。
    围绕岛田事件，小说还用大量篇幅描绘了健三夫妇的关系。在这部小说之前，《行人》和《心》也写了夫妇关系，但情况各不相同。在《行人》中，丈夫起初充满优越感，孤独、高傲、自以为是，结果却不得不承认失败。在《心》中，丈夫的情况相反，不仅毫无优越之感，而且以为自己没有爱妻子的资格。在《道草》这部小说里，夫妇关系写得更加现实，更加深入，这似乎与它的自传性质有关。漱石以实事求是的态度描绘健三的生活状况，揭示他的内心世界，既没有遮掩，也没有粉饰。他孤独高傲，以自我为中心，轻视妇女。他并非不需要妻子的爱，而是希望妻子无条件地爱自己。可是，他没有给妻子这样的爰，又怎么能够凭空得到妻子的爱呢?妻子的态度却与他的愿望相反。她既不是《行人》中的阿直那样对于丈夫象不可解的谜一般的妻子，也不是《心》中的阿静那样总是以温暖的心拥抱丈夫的妻子，而是一个普普通通的性格倔强的妻子，一个丈夫不主动、自己也决不主动的女人。并且，她不认为健三是理想的丈夫，只有象她父亲那样才是理想的男人。由于这些原因，夫妇二人仿佛始终是在不同轨道上运转的车轮一样，无论如何也不能互相接近，互相谅解。
    这部小说在艺术表现上充分体现了自然的特色，仿佛信笔写来，漫无目标，其实自有章法。文笔相当朴素，没有斧凿的痕迹。
    从一九一五年十二月起，漱石左臂从肩部到腕部疼痛异常，写字十分吃力，夜间不能安眠。起初以为是风湿病，后来经过检查证明，疼痛是糖尿病造成的。自第二年四月到七月，连续进行了三个月的治疗，疼痛才算得到解除。
    从一九一六年的五月十九日或二十日开始，漱石一边治病，一边动笔写他最后一部长篇小说——《明暗》。这部作品一直写到十一月二十一日上午，也就是最后卧床不起的前一天。在《朝日新闻》上发表，则始于五月二十六日，终于十二月十四日——漱石死后的第五天。
    漱石写《明暗》时，似乎并不特别吃力，就连一向讨厌的夏天，他也不觉得难熬。这也许是他身体状态最后阶段出现异常，好象灯火熄灭之前忽地闪亮一样。他在当时的一封信里写道：“今年夏天好象非常容易熬过，每天写小说也不觉得痛苦。我把折叠椅放在院子里芭蕉旁边，躺在上面，心情很好。身体状况呢?与小说也不吃力，反而感到痛快。以艺术创作度过长长的夏日，这件事本身使我心情很好。这种精神又变为身体的快乐。”不过，这部小说又是越写越长，也使漱石感到为难。
    和《三四郎》以来的一系列作品一样，《明暗》也是写男女爱情纠葛的，也是写三角恋爱关系的。不同的是，以前的作品都是两个男性与一个女性的关系，《明暗》则变为两个女性与一个男性的关系。
    男主人公津田起初和清子相爱，后来不知什么缘故，清子突然离开津田，另行择配了。其后，津田和女主人公阿延结识，由相爱而结婚。婚后，二人关系颇为微妙、复杂，既有爱情，又有矛盾。就在这种情况下，由于吉川夫人和阿秀等人从中作梗，津田得到清子正在温泉旅馆休养的消息，竟然背着阿延前去寻找清子，重温旧梦了。但是，阿延虽然感到津田渐渐离开自己而去，仍然爱着津田，并且决心爱下去，还要使津田也爱自己。至于清子对津田的态度，则是既没有马上俯就，也没有坚决回绝。小说写到这个地方为止，由于漱石病故没有完成，所以将来如何发展也就不得而知了。
    津田的性格似乎不很鲜明，给读者留下的印象也不大好。他是矜持的，对人不坦率，连对自己的妻子也是如此。如他常常一个人关在书房里，装出看书的样子，其实并没有看进去，目的是要显示自己比妻子高明，比一般人有学问。他又有丈夫高于妻子一等的观念，认为丈夫应当在各方面压倒妻子。可是结果适得其反，他不但不能压倒阿延，反而经常被阿延所压倒。因此，他对阿延感到不满。他常在心里把阿延和清子加以比较。他不喜欢阿延的直爽、机智，而喜欢清子的含蓄，温柔，这正是他脱离阿延、心向清子的重要原因。但是，无论如何，津田背着阿延寻找清子的行为总是不正当的、破坏性的，既破坏了阿延和他自己的幸福，也破坏了清子和她丈夫的幸福。尽管津田和阿延都各有自己的缺点，但是从这个主要之点来说，津田是该受谴责的。
    阿延的性格要比津田开朗得多，鲜明得多。她是个机敏，能干。刚强好胜的女性。她的性格的最大特征是在爱情问题上所表现出来的热情的、独立的意志。在选择婚姻对象的问题上，她认为这纯粹属于个人问题，必须自作主张，甚至提出“女人必须一眼看透男人”。在要求什么样的爱情方面，她要丈夫应当只爱妻子一个人，不爱任何其他女人。她所追求的是理想的、完全的、绝对的爱情。当然，作为一个中产阶级出身的人物，象津田一样，她也有好虚荣、好享乐以及其他私心。然而，就小说所处理的主要矛盾——爱情问题面言，她的理想远比津田崇高，态度远比津田忠实，行动远比津田积极。
    漱石在后期创作中塑造了一系列可爱的、有魅力的妇女形象，诸如《过了春分时节》的千代子，《行人》的阿直，《心》的阿静等。不过，千代子也好，阿直也好，阿静也好，都是限于表面描写，没有深入发掘灵魂，都是处于陪衬地位，没有成为主要人物。从这个意义上说，《明暗》中阿延的形象是个新的突破。就篇幅而言，阿延的形象几乎与男主人公津田平分秋色，同样是由正面入手，描写细腻而又深入；就成果而论，阿延的形象比津田更有光彩，更加引入注目。
    除了男女主人公外，《明暗》里还有一个应当注意的人物——小林。小林是个不得意的知识分子，在日本生活不下去，只得远走朝鲜。由于自己的不如意，因而对社会产生不满，对津田等得意人物产生不满，往往能够说出一些真实情况。例如，他仇恨绅土，赞美工人：他不客气地揭露津田喜新厌旧，追逐女人。在这部小说中，小林的形象是与其他人物形象不协调的，犹如一滴油浮在水面上一样。从他的身上，我们可以看到当时开始流行的社会主义思想的影响，由陀思妥耶夫斯基所代表的俄国文学的影响。有人甚至认为，通过这个形象可以看出漱石从“家庭”向“世界”扩大的趋向，如果他继续活下去，并且继续沿着这个方向走下去，他也许将要把小林这样的人物作为自己小说的主人公。也就是说，“家庭”将从正面场景退居为背景，被包含在“社会”这个大舞台之中。
    同漱石其他的晚期作品一样，《明暗》也是本着所谓“则天去私”的精神创作的，即揭露人们心灵深处的利己主义，使他们感到不愉快，给他们以反省的机会，并把他们带进自由的、明朗的、理智的社会中去。不同的是，以前的作品主要是从男方去描写，《明暗》则既写男方的利己主义，也写女方的利己主义。阿延爱津田，津田却不爱阿延——这是小说的基本矛盾。津田一面由于性格关系不爱阿延，一面又由于和清子藕断丝连不爱阿延，于是暗中破坏夫妻关系，这固然是利己主义思想在做怪；同时，阿延对津田的爱中也有虚荣心在内，也是从利己主义出发的。对于这些，漱石都采取了批判的态度。
不少学者认为，从结构的巧妙来说，从描写的致密来说，从人物的多样来说，从主要人物与次要人物的密切联系来说，《明暗》不仅在漱石自己的作品中，而且在日本近代小说中，都是无可比拟的优秀作品，可惜的是这部作品没有完成。因此，我们目前所看到的《明暗》，并非漱石艺术能够达到的最高境界，而是他走上新的创作阶段的最初成果。
    漱石觉得长期以来每天写《明暗》这种揭露人们私心的小说太俗气了，所以从八月份起便上午写小说，下午作汉诗。根据《漱石全集》，这个阶段写下的汉诗共七十多首，从八月十四日到十一月二十日几乎每天一首。这些诗歌形象地表达了他的种种情思。例如：

            山居日日恰相同，出入无时西复东。
            的砾梅花浓淡外，朦胧月色有无中。
            人从屋后过桥去，水到蹊头穿竹通。
            最喜清宵灯一点，孤愁梦鹤在春空。

描绘的是一种清雅的境界，抒发的是淡淡的孤愁。又如：

            真踪寂寞杳难寻，欲抱虚怀步古今。
            碧水碧山何有我，盖天盖地是无心。
            依稀暮色月离草，错落秋声风在林。
            眼耳双忘身亦失，空中独唱白云吟。

这是漱石的最后一首诗，写于十一月二十日，也就是他卧床不起的前两天。这时他仿佛觉得自己已经达到无私无我、大彻大悟的境界了。
    这时，漱石对于禅宗又重新热心起来，经常和禅僧通信，讨论修业问题。在给禅僧鬼村的信里表示，他本来打算以适合自己的方针和心情修道，但是醒悟过来一看，发现结果很不理想，行走坐卧充满虚伪，实在可耻。从这里可以想见漱石晚年是迫切希望大彻大悟，强烈要求入道的。
    长期以来，漱石一直热心培养青年后辈，为他们的成长壮大花费了不少心血。大批的往来信件和每周举行的“星期四会”，就是最好的证明。到了他的晚年，后来成名的芥川龙之介以及久米正雄等人，都经常登门、写信求教。从保留下来的一些信件里，可以看出漱石对他们的循循诱导和热切希望。有一封信这样写道：“(你们)在学习吗?在写什么吗?你们打算成为新时代的作家吧。我也这样看你们的将来。希望你们作出伟大贡献。但是不可过分急躁。要紧的是象牛一样满不在乎地向前走去。我希望把更乐观、更愉快的气氛输入文坛。……”
    十一月十六日，漱石在自己家里召集“星期四会”。当时漱石自己和参加者都没有意识到这就是最后一次聚会了。据说漱石在会上就“则天去私”谈了不少颇为具体的意见，可惜没有详细文字记录保存下来。
    十一月十八日，有个朋友寄来斑鸫，请漱石品尝。二十一日，漱石应邀出席结婚宴会，吃了不少素来爱吃 的花生。不料，这些好意都成为促使漱石最后一次胃溃疡发作，并且终于死去的导火线。当然，促使漱石迅速发病的根本原因，不是斑鸫和花生，而是过度劳累的创作和生活中存在的种种不快。
    二十一日晚上，从宴会会场回到家里，漱石就感到胃不舒服。次日早晨，病情更加恶化，灌肠之后仍然不见好转，不能照常写作，便趴倒在书房的地毯上。镜子发现以后，赶快铺床让他躺下。当夜又是呕吐，胃部又疼。二十三日下午呕吐两次，夹有血丝，不能饮食。从这一天到二十七日，漱石一直沉默无言地躺着不动。二十八日白天，心情略有好转，吃了一些流食。晚上十一点半钟左右，突然从床上坐起来，拼命抓着头呻吟道：“我脑袋怎么了?浇水，浇水!”镜子扶他躺下，马上便不省人事了。镜子惊慌起来，叫女仆，唤护士，用身边水壶里的水给他浇头，好容易才使他恢复了意识。这时，主治医生赶来，紧急注射樟脑液等药剂；诊断为内部大出血。
    尽管如此，漱石自己也许没有意识到生命的危险，躺在床上仍然考虑小说《明暗》的事，还派人把住在附近的朝日新闻社工作人员找来，告诉他报纸稿件尚有二十天左右的积存，但为防万一，仍请将因病卧床的情况通知社里。
    十二月一日情况还好，漱石吃了少量流食，可是便中充血。二日下午三点半左右，因为排便用力，引起第二次内部大出血，再一次陷入不省人事状态。虽然经过抢救，意识恢复过来，但是已经形成致命危机。以后几天，医生想方设法救护，仍然无济于事。七日心力衰弱，脉搏又频又细。八日晚间，医生宣布绝望。
    十二月九日中午时分，漱石濒临死亡。镜子要求医生停止注射，让病人安乐地死去。然而，有人坚持主张尽力抢救，继续注射药物。在最后一场注射与死亡的搏斗中，病人感到非常痛苦，要求快往胸部浇水，接着就失去了知觉。时间是下午六时四十五分，享年四十九岁。
    漱石死后，摄影师为他拍了遗照，画家为他画了遗像，雕塑家为他塑了铜像：根据镜子的提议，对漱石的遗体作了解剖。十二月十二日，漱石的葬仪在青山斋场举行。漱石遗体被运到落台火葬场，二十八日举行埋骨式。漱石遗骨埋葬在杂司谷墓地，雏子墓的旁边。不过后来又经过重新改葬。